Konrad Wallenrod zostaje wielkim mistrzem zakonu krzyżackiego, ale w rzeczywistości jest Litwinem wychowanym pod imieniem Walter Alf. Jako dziecko został uprowadzony przez Krzyżaków. Stary wajdelota, późniejszy mnich Halban, podtrzymywał w nim pamięć ojczyzny. Walter uciekł na Litwę, poślubił Aldonę, córkę Kiejstuta, i walczył z Zakonem. Uznał jednak, że otwarta walka nie ocali kraju, dlatego porzucił rodzinne szczęście i przyjął tożsamość Wallenroda, aby zniszczyć przeciwnika od środka.
Jako wielki mistrz zwleka z wojną, spotykając się nocami z Aldoną, która zamieszkała w zamkniętej wieży. Halban przypomina mu obowiązek zemsty. Podczas uczty opowieść wajdeloty odsłania przeszłość bohatera, a śpiewana przez Konrada „Alpuhara” pokazuje przykład pokonania wroga podstępem za cenę własnego życia.
Wallenrod prowadzi w końcu krzyżacką wyprawę tak, że kończy się ona katastrofą. Tajny sąd odkrywa jego oszustwo i skazuje go na śmierć. Konrad chce wrócić z Aldoną na Litwę, lecz ona odmawia opuszczenia wieży. Gdy nadchodzą wykonawcy wyroku, bohater wypija truciznę. Halban postanawia przeżyć i zachować jego czyn w pieśni. Gasnąca lampa daje znak Aldonie; jej końcowy krzyk sugeruje również jej śmierć. Ocalenie ojczyzny nie przynosi małżonkom odzyskanego szczęścia.