Wybór tajemniczego wielkiego mistrza
W państwie zakonu krzyżackiego trwają przygotowania do wyboru nowego wielkiego mistrza. Największym uznaniem cieszy się Konrad Wallenrod, rycerz sławny z odwagi i zwycięstw odniesionych poza Prusami. Uchodzi za człowieka skromnego i oddanego religii. Zarazem stroni od ludzi, nie potrafi cieszyć się życiem, a wspomnienia Litwy i ojczyzny wywołują w nim gwałtowne wzruszenie. Jego najbliższym powiernikiem jest stary mnich Halban.
Rycerze słyszą tajemnicze słowa pustelnicy mieszkającej w zamkniętej wieży. Halban przedstawia je jako pomyślną przepowiednię dotyczącą Konrada i wzmacnia poparcie dla jego kandydatury. Wallenrod zostaje wielkim mistrzem. Czytelnik poznaje go najpierw w tej roli, natomiast rzeczywiste pochodzenie i plan bohatera ujawniają się dopiero stopniowo.
Zwlekanie z wojną i rozmowy pod wieżą
Bracia oczekują od nowego przywódcy podbojów, lecz Konrad nie rozpoczyna upragnionej wojny. Wprowadza surową dyscyplinę, nakazuje posty i pokuty oraz karze naruszanie zakonnych reguł. Tymczasem Litwini atakują okolice krzyżackich siedzib, a książę Witold, skłócony z Jagiełłą, bezskutecznie oczekuje od Zakonu pomocy przeciw rodakom. Niezadowolenie rycerzy narasta.
Nocami Konrad rozmawia z pustelnicą. Jest nią Aldona, jego żona, która z własnej woli odizolowała się od świata, aby być blisko ukochanego. Oboje cierpią z powodu rozłąki i poświęconego szczęścia. Bohater przyznaje, że spotkania z Aldoną skłaniają go do odkładania działania. Halban przeciwnie: przypomina dawną przysięgę i cierpienia Litwy, podsycając obowiązek zemsty.
Uczta i znaczenie pieśni
Podczas uroczystej uczty Konrad odrzuca pochlebne występy śpiewaków i żąda pieśni odpowiadającej jego ponuremu doświadczeniu. Głos zabiera stary wajdelota. Wyrzuca Litwinom zapomnienie o ojczyźnie, a szczególnie dotyka Witolda, który szuka wsparcia u wrogów własnego kraju. Książę reaguje wzburzeniem i wstydem.
„Pieśń Wajdeloty” przedstawia tradycję ustną jako sposób przechowywania narodowej pamięci mimo przemocy i zniszczenia. Następnie śpiewak przechodzi do „Powieści Wajdeloty”, czyli historii Waltera Alfa. Jej szczegóły pozwalają rozpoznać przeszłość samego Wallenroda. Związek występu z Halbanem zostaje w utworze dodatkowo zaznaczony przez krążące po uczcie przypuszczenia, że to on wystąpił w przebraniu.
Dzieciństwo Waltera Alfa
Walter został porwany z Litwy jako dziecko podczas krzyżackiego najazdu. Zachował urywkowe wspomnienia domu, pożaru i rozpaczy matki. Wychowywał go wielki mistrz Winrych, traktujący chłopca jak syna. Niemieckie imię, wychowanie i chrzest nie usunęły jednak litewskiego pochodzenia.
Stary wajdelota, również jeniec, opowiadał Walterowi o Litwie, uczył go ojczystej mowy i pieśni oraz rozbudzał pragnienie odwetu. Powstrzymywał go przed pochopną ucieczką: radził najpierw poznać sztukę wojenną przeciwnika i zdobyć jego zaufanie. Młodzieniec nie wytrzymał jednak podczas pierwszej walki przeciw Litwinom. Przeszedł na ich stronę wraz ze starcem. Kiejstut przyjął przybyszów i wysłuchał historii Waltera.
Miłość do Aldony i wybór podstępu
Na Litwie Walter zbliża się do Aldony, córki Kiejstuta. Uczy ją chrześcijańskich modlitw i opowiada o poznanym świecie, a ona przywraca mu znajomość ojczystego języka. Miłość prowadzi do małżeństwa. Kiejstut ceni także wojskowe umiejętności zięcia, przydatne w obronie kraju.
Kolejne najazdy niszczą jednak możliwość spokojnego życia. Walter widzi, że Zakon stale otrzymuje nowe posiłki, podczas gdy siły Litwy wyczerpują się. Po ciężkich walkach dochodzi do przekonania, że otwarty bój nie wystarczy. Postanawia uderzyć w przeciwnika od środka. Żegna Aldonę i odjeżdża z wajdelotą, świadomy, że wybrana droga oznacza oszustwo, zbrodnie i utratę honorowej rycerskiej egzystencji. Aldona szuka schronienia w klasztorze, a później przenosi się do wieży w pobliżu krzyżackiej stolicy, oczekując powrotu męża.
Przybrana tożsamość i „Alpuhara”
Dalsze okoliczności wejścia Waltera do Zakonu poznajemy z późniejszego oskarżenia przed tajnym sądem. Miał służyć jako giermek prawdziwego hrabiego Wallenroda podczas wyprawy do Palestyny. Hrabia zaginął, a giermek zaczął występować pod jego nazwiskiem i zdobywał sławę w walkach z Maurami. Podejrzenie, że zamordował pierwotnego Wallenroda, należy w tekście do treści oskarżenia; narrator nie przedstawia samego zabójstwa.
Podczas uczty poruszony Konrad śpiewa balladę „Alpuhara”. Jej bohater, Almanzor, pozornie poddaje się Hiszpanom, lecz przynosi im śmiertelną zarazę i ginie razem ze zwycięzcami. To opowieść wewnątrz utworu, nie rzeczywiste działanie Wallenroda. Zapowiada natomiast podobieństwo jego metody: zaufanie przeciwnika zostaje wykorzystane do zadania mu klęski, a zemsta pochłania także mściciela.
Wyprawa krzyżacka i klęska Zakonu
Po uczcie Witold zrywa współpracę z Krzyżakami. Uprowadza swoich ludzi i niszczy mijane zamki, do których dostaje się pod pozorem wykonywania rozkazów wielkiego mistrza. Oburzenie rycerzy oraz napływ ochotników sprawiają, że Konrad nie może dłużej odwlekać wojny.
Wyprawa wkracza na Litwę, lecz Wallenrod prowadzi ją w sposób zgubny dla własnego wojska. Przedłuża oblężenie Wilna, nie podejmuje skutecznych działań w obliczu braku żywności i zwleka z odwrotem. Litwini odcinają dostawy i atakują, a nadejście zimy pogłębia katastrofę. Wielki mistrz opuszcza pole walki, a do stolicy wracają resztki rozbitej, głodnej i wyniszczonej armii. Jego ukryty zamiar osłabienia Zakonu zostaje osiągnięty za cenę ogromnego cierpienia ludzi.
Tajny wyrok i odmowa Aldony
Tajny trybunał dwunastu sędziów rozpatruje postępowanie wielkiego mistrza. Oskarżyciel ujawnia niezgodność jego tożsamości, kontakty z Witoldem i rozmowy z pustelnicą w języku litewskim. Sędziowie wydają wyrok śmierci.
Konrad przychodzi do Aldony, ogłasza spełnienie zemsty i proponuje wspólny powrót na Litwę. Chce porzucić oszustwa oraz przemoc i odzyskać prywatne życie. Aldona odmawia: złożyła ślub, że nie opuści wieży za życia, a także pragnie zachować dawny obraz ich miłości. Nie odrzuca uczucia do męża, lecz możliwość odbudowania ziemskiego szczęścia. Konrad rozpoznaje następnie znaki zbliżającej się egzekucji i ustala z żoną sygnały, po których będzie wiedziała o jego śmierci.
Śmierć Konrada i zadanie Halbana
Gdy wykonawcy wyroku docierają do jego mieszkania, Konrad wypija truciznę. Proponuje wspólną śmierć Halbanowi, ale starzec odmawia. Zamierza przeżyć, zachować opowieść o jego czynie i przekazywać ją następnym pokoleniom. Poezja ma więc stać się dalszym ciągiem działania bohatera.
Wobec wchodzących rycerzy Konrad przyznaje, że świadomie doprowadził Zakon do katastrofy, i z pogardą odrzuca oznaki urzędu. Umierając, strąca lampę, dając umówiony znak Aldonie. Z jej wieży rozlega się przejmujący, urwany krzyk, przedstawiony jako sugestia końca jej życia. Finał łączy skuteczną zemstę z nieodwracalną klęską osobistą: bohater nie odzyskuje ani miłości w dawnym kształcie, ani życia wolnego od winy.